发现时间自闭症的实质的损害是认知障碍，表现在早期的分享性注意和扮演行为上。分享性注意是指与他人共同分享对某种事物的兴趣，当自闭症患者面对一种物品时不是与他人分享兴趣，而是要得到它，这种障碍是自闭症的早期症状之一；不会进行扮演性游戏也是自闭症的早期表现之一。如果能发现早期症状，进行早期诊断、早期干预和教育无疑会对预后产生积极而有效的影响。
病情轻重自闭症患儿没有独立交往的能力，不会根据环境要求改变自己的行为方式来适应环境，这种障碍随着年龄增大显得更为突出。伴有严重智力低下者，无任何言语功能、无法克制和难以治疗的尖叫、自伤等行为持续存在，直接威胁着生存，给教育和干预带来障碍，作为家长，是很容易辨认出孩子的这些异常的。一部分患儿到青春期以后症状可有改善，古怪刻板的行为减少，社会交往和适应社会的能力或多或少地提高。但仍表现为与人交往困难，独来独往，回避他人；在不涉及社交能力时，也能干好某些简单、机械的事情。
语言状况早期或在确诊为自闭症之前已有较好的语言或言语功能者预后较好。尽管疾病本身使他们发展语言的潜能受到限制，但他毕竟具有这种潜能或基础，使用规范化的语言训练效果比语言或言语功能差的患者效果好。
认知功能高功能水平自闭症预后较低功能水平为好，16名6岁以下，IQ大于65的自闭症患儿，有半数可完成大学学业，能独立生活。即使是高功能水平自闭症儿童，其业余活动面或活动内容也是有限制的，不会做建设性的决策或提建设性意见。
伴发疾病伴有其他疾病者如严重先天性心脏病、癫痫、肝肾损害、结节性硬化等预后较差，伴有听力受损、特殊生活技能问题者预后较差。
是否训练早期训练教育是自闭症得以康复的有效方法之一。其目的在于：改善其社会化行为，首先学会与家庭成员的相处和交往；尽可能多地教他们自理生活的能力，掌握生活实用技能和进一步学习的能力；培养满足职业所需的基本能力；增加对社会生活的了解和探索的兴趣。研究结果显示，经干预后进入成年早期的自闭症患者大约5%不再依赖他人而找到某种有报酬的工作；10%患者症状改善但仍需要保护；25%取得进步但还不能独立生活。