在电视剧《消失的孩子》一开始，就给我们呈现了熟悉的生活场景。
一大早，在一个普通的三口之家里，爸爸和妈妈都要上班，孩子读小学。妈妈不停地催促孩子吃早餐、上学，叮嘱着学习上的事情，数落着孩子的不争气。爸爸顾不上自己的牙疼，匆忙收拾好，准备送孩子去上学。
孩子叫杨莫，学习成绩和自我管理能力都不太好。爸爸叫杨远，为了更好地照顾孩子，他主动提出调岗降薪，这样就可以多出一些自由支配的时间。同时，为了增加收入，他也会通过设计平台接一些私活，非常辛苦。
妈妈叫陶芳，她在市区经营一家化妆品店，经常忙到很晚才回家。他们一家住在青岚园小区一栋楼房的四楼，房间号为401。这个小区是一个安置区，已经有些年代了，环境和治安都比较一般。
这原本是一个很平常的工作日，杨远先下楼，把汽车开到单元门口，等着儿子下楼。几分钟过去了，杨莫还没下楼，杨远给陶芳打电话，陶芳却说儿子已经下楼一会儿了。此刻，两人才意识到，儿子不见了。
他们立即开始寻找，把整个单元楼所有的住户都问了一遍，惊动了街坊四邻，还报了警。杨莫就像凭空消失了一般，怎么样都找不到。负责接警的张叶对此事展开了调查。张叶不苟言笑，思维敏捷，观察力强，她对此案高度重视，不放过任何一条线索。
在张叶调查的过程中，和杨莫有关的人物暴露出更多细节。杨莫出生以后，杨远和陶芳都非常忙碌，既要工作，又要照顾孩子。陶芳性格强势，对儿子要求很严，可是儿子的成绩一直不太理想。老师经常向他们反应问题，直到杨远带儿子去医院检查，才发现他患有注意力缺陷多动症。
为了保护儿子，他选择了保密，更加用心陪伴孩子。他们无意中认识了住在他们楼下302房间的许恩怀。许恩怀那一天忘了带钥匙，独自坐在楼梯口等爸爸。在杨远和杨莫的邀请下，许恩怀在他们吃了晚饭。
许恩怀的爸爸和妈妈离异了，她跟着爸爸生活。由于爸爸工作很忙，经常早出晚归，许恩怀早早就学会了独立。她的成绩一直很好，但是却非常孤独，杨莫家里的氛围让她羡慕。后来，许恩怀经常去他们家吃饭，吃过饭之后，许恩怀就帮杨莫辅导作业。
杨远和陶芳都很喜欢许恩怀，觉得她又懂事，又聪明，还带她去了北湖的农家乐玩耍。也就是在那里，杨莫发现了一只怀孕的母狗，并且向狗主人提前预定了一只小狗，起名“莫远”。他想把这只小狗作为礼物送给爸爸。
可是，爸爸和妈妈总是找借口不带他来这个地方。失望至极的杨莫就央求许恩怀，和她一起偷偷策划了去北湖的计划。许恩怀把家里的钥匙偷偷给了杨莫，杨莫就在那个早上进入了许恩怀的家。
只是没想到，等许恩怀回来打开门，发现杨莫并没有在里面，北湖农家舍他也没去。许恩怀意识到自己闯了大祸，后悔不已。
虽然，杨莫的失踪和许恩怀有着直接的联系。但是，杨莫的爸爸妈妈都有责任。陶芳自己工作忙，没有时间管孩子，却很重视孩子的学习。她不支持孩子做与学习无关的事情，之前家里养过小狗，陶芳就竭力反对，她认为养狗会影响孩子学习。
杨远想带孩子去农家乐玩，想带孩子回老家看看爷爷奶奶，她总是以没时间为由拒绝。她认为自己所做的一切都是为了孩子好，却没有认真了解过孩子的感受和想法。
杨远本来答应了杨莫要去北湖玩，可是他无法说服妻子，只能一次又一次找理由推脱。所以，失望至极的杨莫才有了偷偷溜出去的想法，导致了他的失踪。
杨莫的爸爸妈妈无疑是很爱他的，只是他们的这种爱却把孩子推得越来越远，造成了孩子的“消失”。